La discusión de proyecto de programa por toda la militancia y pueblo en general le transfirieron al Tercer Congreso del Partido características diferentes a los anteriores. Por cuánto se desarrolló en dos sesiones en el año 1986. la primera se desarrolló del 4 al 7 de febrero y la segunda, diferida, del 30 de noviembre 2 de diciembre. Ambas se realizaron en el Palacio de Convenciones de La Habana.

El Tercer Congreso tuvo como consigna "Al Tercer congreso con mayor eficiencia en la producción y la defensa". El Congreso fue la combinación de un quinquenio de fecundo trabajo en todos los frentes y de un amplio proceso orgánico que abarcó las instancias partidistas las que movilizaron energías creatividad e inteligencia de los comunistas y del pueblo general.

 En el informe central se señalaron con toda energía los errores y deficiencias que venían afectando la construcción del socialismo en Cuba tanto en la dirección de la economía como en lo político y biológico lo cual determinó el inicio ese mismo año del Proceso de rectificación de errores y tendencias negativas.

Se analizó y aprobó el Programa del Partido que ofrecía un panorama a la lucha del pueblo cubano por la independencia nacional y trazaba los objetivos y las tareas de esta organización para culminar la construcción del socialismo, abarcando la estrategia económica, las políticas en la esfera social, la educación, la ciencia y la cultura en general, las relaciones exteriores, la defensa de la patria, el trabajo ideológico y la organización política de la sociedad. El Programa sustituyó la plataforma programática.

Oficialmente el Congreso fue clausurado al concluir la sesión diferida con un discurso del Primer Secretario en el que declaraba la aprobación del Programa del Partido Comunista de Cuba el día en que se cumplían 30 años del desembarco de los expedicionarios del Granma.